Os alunos de doutorado poderão solicitar o exame de qualificação a partir do segundo ano de curso. O prazo limite para a realização do exame é a um ano do término do curso, ou seja, quando estiver há 3 anos matriculado no PPGES.
A banca de qualificação do doutorado deve ser homologada pela CEPG e pela Câmara de Pós Graduação, portanto o formulário de solicitação, juntamente com o histórico escolar e os exemplares devem ser entregues pelo menos 45 dias antes da data prevista para o exame.
O aluno deve ter cumprido todos os créditos em disciplinas antes da qualificação, exceto os créditos relativos ao PAD, que podem ser realizados posteriormente. O PAD é obrigatório apenas para os bolsistas CAPES.
A banca de qualificação de doutorado deve ser composta pelo orientador e mais dois professores doutores, um deles necessariamente externo à instituição. O suplente deverá ser, necessariamente, externo à UNIFESP.
A qualificação de doutorado não pode ser realizada por meio de parecer; no entanto, pode ser realizada via Skype ou vídeo conferência. Após o Exame, a ata com o resultado deverá ser homologada pela CEPG.
Em caso de reprovação no Exame de qualificação, o aluno poderá realizar novo exame em seis meses. Havendo nova reprovação, será desligado do Programa.